方濟各生於1181年意大利翁布里亞山地(Umbria)的一座亞西西城(Assisi)。

方濟各的父親是一位賣布的富商，母親是一位溫柔的女士。

方濟各生長在一個物質富裕的家庭中，生活奢侈揮霍。他常和城裡的同伴們舉行各種宴會，並常在宴會結束後，在街道上遊逛喧曄，張口閉咀都是粗鄙及無益的說話，許多惡少年追逐他、擁戴他、吹捧他，甚至視他為「青年之王」。

方濟各渴望能當上騎士，幹一些轟烈的事光宗耀祖。

那時，亞西西和佩魯賈(Perugia)爆發了戰爭，方濟各也投身於這個戰爭中。但一次戰敗中，方濟各被俘並遭監禁。他的父親以大筆金錢將他贖回，返回家後卻患上大病。

他臥病在床，不能動彈，不單是身體，更甚者是心靈的煎熬。他面容憔悴，身體孱弱，如被病魔摧毀他的生命一樣。這時，方濟各內心開始感受到從沒有經歷過的事物，腦海裡不停思索：這種生活態度對我來說到底是甚麼呢？

一日，方濟各倚靠拐杖走出好久沒有踏越的大門，他觀賞四周景色。奇怪的是，從前看來賞心悅目的田園景色，再不能引起自己的興趣。為甚麼呢？方濟各也替自己詫異起來。由當日起，方濟各開始輕看一切，包括他自己。

可是，放棄所有又談何容易？方濟各痊癒後，便將在重病中的體驗都拋諸腦後。

方濟各揚言要到亞普利亞（Apulia）打仗，誓要成為舉國聞名的騎士。

有一夜睡覺時，天主在神視中向他講話，說：「誰能更妥善地照顧你，是僕人或是主人?」方濟回答說：「是主人。」主說：「那麼你為什麼要放棄主人而追隨僕人呢?」方濟各回答說：「主你要我做什麼?」主對他說：「你要回到你出生的地方！因為你的神視，將因我而得到精神的實現。」

方濟各開始將全部心靈都放在祈禱中，祈求天主指引，解開他背後隱藏的奧秘。

方濟各常常獨自去到隱密的山洞中祈禱，他祈求主的「聲音」再次向他說話，繼續指引他。但是，每當他回想到昔日荒唐的生活時，他就害怕起來。他體認自己沒有資格向天主說話，更不用說是要服侍祂了。在獨處的祈禱中，他面對了自己；體會了天主的仁慈，同時也感覺到那來自天主的安慰。方濟各在山洞的經驗，引領他發現：「真正的喜樂不是在於擁有，而是在於給予。」方濟各被天主的愛深深吸引住，他願意除去一切會讓他和天主的愛相隔離的事物；他找到了他唯一的渴望：實行天主的旨意。

方濟各最厭惡的就是癩病人。

一天，方濟各在亞西西臨馬遇見了癩病人，他的第一個反應就是「快逃！」但是他想起每個人都是獨特的，便從馬背上下來，走近了癩病人並親吻了他。此時，癩病人向方濟伸手求乞，他給予了金錢外，又吻了他的手，他的內心湧出一股喜樂。

一天，方濟各靠近幾乎倒塌的聖達勉堂，他進去祈禱，並且熱誠而謙虛地俯伏在苦像前，被釘的基督畫像張口說話，並呼喚著他的名字：『方濟，你去修理我房子吧！這房子如你所看到的，整個坍塌了。』」方濟各給被釘的基督溶化了。他以為耶穌給自己的使命，就是重建這座快要倒塌的聖達勉堂。

於是，在父親店鋪裏拿走了不少布匹，騎上馬往他處將所有布匹，連同馬匹都一起變賣了。回到了聖達勉堂後，把變賣所得全奉獻聖堂，以重修聖達勉堂。其實，方濟各誤會了，耶穌要他重建的，不是聖堂，而是教會。天主願意方濟各以他簡單純樸的生活，重建當時快被世俗傾塌的教會。

方濟各把賣布匹所得的利潤如數捐助聖堂，觸怒了父親伯爾納多，幾乎全亞西西城的人都跑來取笑方濟各是個瘋子。伯爾納多將方濟各抓回家中，把他鎖在黑房裡好幾天，先以言語，繼而用鞭刑及鐵鍊來折磨他。之後，伯爾納多公幹回來，眼看妻子碧嘉將方濟各從黑牢中釋放出來，無名火起，立刻將方濟各強拉到主教面前，來個審判調停。

方濟各被領至主教面前時，不遲疑、不猶豫、不等人說話，自己亦不作聲，立刻剝去了自己的衣服，把一切都還給了父親，就連身上所穿的衣物都還給了他，赤裸裸地站眾人面前，並說道：「現在我可自由地說：我們的天父，而不稱伯爾納多為父。」從那時起，方濟各將自己的生活，全部放在他在天之父的手中。

方濟各在寶尊堂發現了福音。他在參與彌撒中，聽到了一段耶穌派遣門徒外出宣講天國的話：「你們在路上什麼都不要帶…。」方濟各希望全心實行福音，捨棄一切過貧窮的生活，一無所有地在各地宣講天主的國。他手裡拿著缽，每天沿門行乞。那時，城中擁有高貴地位的富人伯納德，他被方濟各深深地吸引著，願意與方濟各共同度福音的貧窮生活，方濟各稱他為「弟兄」。

之後有更多的「弟兄」和方濟各在基督內彼此相親相愛的生活，展現出福音中愛和服務的訊息。

方濟各渴望將福音中「和平」與「和好」的訊息告訴所有的人。1219年，方濟各皈依第十三年，在十字軍與回教徒互相殘殺的日子，方濟各勇者無懼地走向敘利亞，拜見蘇丹王，隨行的只有一位同伴，他就是依林明那圖弟兄。方濟各以無比堅決的心志站立在蘇丹王面前，並採用和平手法去跟蘇丹王溝通，縱然在謁見蘇丹王之前，他曾被士兵逮捕、凌辱、鞭打，但是，方濟各並沒有還手。蘇丹王乘方濟各還沒開口給他宣講福音之前，試圖利用許多禮物及錢財來打動方濟各信主之心，不過，方濟各堅持信念，再一次視一切如糞土。

蘇丹王大為驚訝，深感方濟各是位非同凡響的人物，並因他的言論而深受感動，並樂意聆聽他的宣講。這是方濟各的和平精神。

晚年，方濟各患了嚴重的眼疾，再加上弟兄團體的問題，使他心靈上也遭受嚴重的打擊。因為初期的弟兄團體只有十二人，如今卻超過五千人；他們當中只有少數人曾經見過方濟各，弟兄們的熱忱和渴望，也未必和方濟各完全相同。

後來教會勸導方濟各應撰寫會規，雖然起初方濟各並不願意，教會智慧讓方濟各接受了這意見；在這情況下，方濟各辭去了總長之職；他再次回洞穴祈禱，想知道天主願意在他餘年時要作的事情。

方濟各在洞穴祈禱時發現：聖誕故事不是藏在隱修院裡，而應走進人群中。方濟各在逝世前三年的聖誕節，在格熱橋（Greccio）城命人邀請該城一位名叫若望的人來，向他說：『我有意做些事來紀念誕生在白冷的嬰孩，並以具體的方式，將他為嬰兒時的貧窮與困苦，如臥於馬槽，並置身於牛驢及乾草之間等，表現於人們眼前。』方濟各深深體驗到降生成人的偉大，到達極點，這份濃烈的還愛之情，驅使他破天荒地製作馬槽，以此來表達耶穌對世人的愛。

1224年9月，方濟各在拉維納山（La Verna）開始他的祈禱生活。他在石縫中，以一個野獸的洞穴，作為他休息之所。在九月十四日，聖十字架瞻禮那天，他看來自天主的一個神視，在方濟面前出現一位長有六隻翅膀的人，雙手伸開，雙足併合，被釘於十字架上，由於出現眼前這位相似熾愛天使者的美麗超出方濟各意想之外，再者，他以和善及可愛的眼光看著方濟各，方濟各因而感到絕大的喜樂和愉快。另一方面，令方濟各驚懼不安的是該位「熾愛者」被釘的慘痛和所受的苦刑。就在喜樂與驚懼互相交替之間，釘印開始出現在方濟各手足之上，另外，他的右肋好似被長鎗所刺透，鮮血源源由傷口流出染滿一身會衣和褲子。

方濟各從天主得到這個特恩，很清楚地，耶穌願意他分享五傷的痛苦。這是方濟各日日所渴求的：和基督同在苦架上。

1225年，方濟各的視力與健康都每況愈下，也就是在此時，他撰寫了著名的「太陽歌」（Canticle of Brother Sun）。1226年10月初，他要弟兄們剝去他的會衣，願意赤裸地躺在地上，就像基督在苦架上一樣一無所有。但院長命令他穿上由其他弟兄給予他的會衣；方濟各就以窮人的身份接受了它。然後他以雙手祝福了所有的弟兄，同時說道：「我做了我應做的事，願基督訓示你們應做的一切。」

10月3日傍晚，方濟各與世長辭，享年45歲。